El crecimiento de algas ocurre naturalmente en fuentes de agua dulce y salobre. Como todas las plantas, las algas responden a la luz solar y los fertilizantes, y se producirá un crecimiento excesivo de algas cuando las condiciones ambientales sean las adecuadas. Los AWR son vulnerables al crecimiento excesivo de algas (eutrofización) cuando los nutrientes, en particular el nitrógeno y el fósforo, contaminan el agua debido a la lixiviación de fertilizantes y la escorrentía de las áreas agrícolas. Además, es más probable que ocurra la proliferación de algas cuando el agua está en calma y no hay flujos y cuando la temperatura es cálida (superior a 20ºC)
La proliferación de algas afecta negativamente a la calidad del agua
Pueden producir problemas de olor y dificultar la AWR por obturación o bloqueo de bombas, filtros y tuberías. Además, cuando las algas mueren, su descomposición agota los niveles de oxígeno en la fuente de agua, lo que aumenta aún más los problemas de calidad del agua, incluida la liberación de hierro y nutrientes de los sedimentos.
En países como los Países Bajos, con una agricultura de invernadero muy intensiva, el crecimiento de algas en AWR es un problema común. En este país, el almacenamiento de agua de lluvia de 500 m3 por año por hectárea de invernadero es obligatorio y existe la obligación de reutilizar el agua de drenaje y drenaje hasta cierto punto.
En consecuencia, el agua almacenada en este tipo de AWR es muy rica en nutrientes, lo que genera el problema de las algas mencionado.
Una amplia gama de tecnologías/prácticas pueden prevenir o tratar la proliferación de algas, pero su eficacia es muy variable y exige más investigación. Una solución habitual es cubrir los estanques para impedir el paso de la luz solar utilizando, por ejemplo, cortavientos o cubiertas flotantes en la superficie del agua. En una encuesta realizada entre productores de la UE (centro este, Mediterráneo y noroeste), el índice de satisfacción para soluciones de cobertura fue moderado. Otras soluciones que implican el uso de filtros, productos químicos (algicidas) o operaciones de mantenimiento continuas con altos costos no son óptimas.